Külliyenin temeli, Sultan II. Bayezid tarafından 1484 yılında atılmış olup 1488 yılında Sultan II. Bayezid tarafından hizmete açılmıştır. Külliyenin kurulmasındaki temel amaç, Edirne ilini bir darüşşifaya (hastahaneye) kavuşturmaktır. Külliyenin ana yapısı darüşşifa olup hekim yetiştirilebilmesi amacıyla bir de Medrese-i Etibba yani tıp medresesi kurulmuştur. Teorik ve pratik yönden biribirinin tamamlayıcısı olan bu iki ünitenin günümüzdeki adı Tıp Fakültesidir. Külliye, hastahanesi, tabhanesi ve imaret aşhanesiyle günümüz anlayışına uygun bir sağlık ve sosyal yardım kurumudur. Kuruluşunda çok yönlü bir hastahane iken bir süre sonra akıl ve ruh hastalarının tedavi edildiği bir ünite halini almış, daha sonra da bakımsız bir kurum durumuna gelmiştir. 1876-1877 Osmanlı-Rus Savaşında Edirne'nin işgali ile işlevini tümüyle yitirmiş ve Edirne'deki akıl hastaları da İstanbul'a gönderilmeye başlanmıştır. Darüşşifa, 1896, 1910 ve 1967 yıllarında onarım görse de, işlev kazandırılamadığından harap halden kurtarılamamıştır.
Vakıflar Bölge Müdürlüğü bünyesinde bulunan Külliye (Cami bölümü hariç), 14.09.1984 tarihinde düzenlenen protokol ile Trakya Üniversitesine devredilmiştir. Bir süre T.Ü. Edirne Meslek Yüksekokulu’nun Restorasyon ve Duvar Süsleme Bölümleri burada eğitim-öğretim görmüş, restorasyon çalışmaları başarıyla yürütülmüştür.
Edirne sevdalısı olan rahmetli Ord.Prof.Dr.A.Süheyl Ünver 1962 yılında kendi el yazısı ile sevgili hocamız rahmetli Yrd.Doç.Dr.Ratip Kazancıgil’e bir mektup göndererek darüşşifanın müze olması için çalışma yapılmasını ve müzede olması gereken objelerinde listesini mektubunda belirtmiştir. Bu mektuptan sonra Edirne sevdalısı bu iki değerli insan, külliyenin bu harap durumuna çare aramak için çırpınmışlardır. Dr.Ratip Kazancıgil, Darüşşifa’nın müzeye dönüştürülmesi amacıyla 1970 yılında Sağlık Müdürlüğü ile Vakıflar Genel Müdürlüğü arasında bir sözleşme imzalamıştır. Proje, dönemin siyasilerinin buranın putlaştırılacağı (mankenler ile canlandırılacağından dolayı) düşüncesiyle projenin uygulanmasını engellemişlerdir.
Külliyenin, Trakya Üniversitesi bünyesine geçtikten sonra Dr.Ratip Kazancıgil’in girişimleriyle darüşşifa bölümünün “Sağlık Müzesi”ne dönüştürülmesi için çalışmalara hız verilmişti. Prof.Dr.Osman İnci’nin 1996 yılında Trakya Üniversitesi Rektörü seçilmesinden sonra Trakya Üniversitesi Senatosu 19 Mart 1997 tarihinde toplanarak “Trakya Üniversitesi Sultan II. Bayezid Külliyesi Sağlık Müzesi”nin kurulmasına oy birliği ile karar vermiştir. Kültür Bakanlığının 11.04.1997 tarihli onayı ile de özel müze statüsüne geçmiştir. Sevgili hocamız Dr.Ratip Kazancıgil’in yıllardır hayal ettiği proje hayata geçirilmesi için önemli adımlar atılmıştır. Ord.Prof.Dr.A.Süheyl Ünver’in de bir dileği yerine getirilmiştir. Yapılan çalışmalar neticesinde müze, 23 Nisan 1997 yılında hizmete girmiştir. Müzenin açılışı ulusal alanda ses getirmiştir. İstanbul Ruh Hastalarını Readaptasyon Derneği’nin katkılarıyla 30 Haziran 2000 tarihinde Tasarımcı-Sanat Yönetmeni Türkan Kafadar ve ekibince şifahane kısmı, “Psikiyatri Tarihi Bölümü” olarak düzenlenmiştir. Rahmetli Faruk Bayülkem’in bu çalışması müzeye bir yaşam iksiri vermiştir. Müze hayırsever kişi ve kurumların katkılarıyla gelişmiş ve ziyaretçi sayıları her gün artış gösterir olmuştu. Müze, 2004 yılı Avrupa’da Yılın Müzesi Ödülü adayı olmak amacıyla Avrupa Müzeler Birliği üyeliğine 13 Mart 2003 tarihinde başvurmuş, başvuru 2300 üyelik numarası ile kabul edilmiştir. Yapılan değerlendirmeler neticesinde müze, 5 Aralık 2003 tarihinde Strasbourg’da yapılan tören ile “2004 Yılı Avrupa Müze Ödülü”nün sahibi olmuştur. Müze müdürü Enver Şengül’ün bu konudaki çalışmaları unutulmamalıdır. Bu başarının ardından, 2005 yılında ise Hırvatistan’ın Dubrovnik kentinde yapılan “Dünya Ödüllü Müzeler Buluşması’nda” en iyi 2. sunumu gerçekleştirerek kentimizin ve kültürümüzün tanıtımına büyük bir katkı daha sağlamıştır. Müze Avrupa Kültür Mirası Birliği tarafından “Mükemmellik Kulübü’ne” kabul edilmiştir. Sağlık Müzesi bu defa da, 31 Ekim-03 Kasım 2007 tarihleri arasında Almanya'nın Köln kentinde düzenlenen "Kültürel Mirastaki En İyiler" ve "Mükemmellik Kulübü"nün düzenlediği ödüllü müzeler buluşmasında en iyi sunum ödülünü kazanmıştır. Böylesi ödüllerin kazanılmasının ardından kentimizde birçok özel müze açılması girişimleri başlamıştır.
Trakya Üniversitesi Rektörü Sayın Prof.Dr.Enver Duran döneminde de, Uluslararası Rotary 2420. Bölge Guvernörlüğü‘nün katkıları ile medrese bölümü düzenlenerek ''Tıp Medresesi'' adı ile 23.04.2008 tarihinde ziyarete açılmıştır. Müze, yeni bir bölüme daha kavuşmuş, Tıp Medresesi Sağlık Müzesi'ni daha önemli bir noktaya taşımıştır. Bu gelişmeler ışığından, müzenin 1997 yılında 3.200 olan ziyaretçi sayısı, 2006 yılında 122.691’e, 2015 yılında 235 bin, 2017 yılında ise 249.830’a ulaşmıştır.
Böylesi uluslararası ödüller kazanan bu müze dönemin Sağlık Bakanı Dr. Mehmet Müezzinoğlu’nun girişimleri ve Trakya Üniversitesi Rektörü Prof. Dr. Yener Yörük onayı ile Trakya Üniversitesi ile Abdi İbrahim İlaç Sanayi ve Ticaret A.Ş. arasında, 21 Aralık 2013 tarihinde Sultan II. Bayezid Külliyesi Sağlık Müzesi’nin restorasyonuna yönelik protokol imzalanmıştır. Yapılan bu protokol kapsamında onarıma alınan müzede yenileme çalışmaları yapılmıştır. Yeni düzenlenen müze, 13 Mayıs 2015 tarihinde tekrar ziyaretçilere açılmıştır.
Müze’de 2013 ile 2015 yılları arasında yapılan yenileme çalışmaları ile Edirne Sevdalısı iki değerli insan Dr.Rıfat Osman ile Ord.Prof.Dr.Süheyl Ünver’i tanıtan seksiyon kaldırılmıştır. Edirne’nin tarih sayfalarını çevirdiğinizde her sayfanın satırılarında izler bırakan bu değerli insanların müzeden kaldırılması birçok kişiyi üzmüştür. Hatta Dr.Ratip Kazancıgil’in şifahane bölümünde yer alan çalışma odası da kaldırılmıştı. Ancak yapılan girişimler ile kendisine külliye’nin medrese bölümünde tekrar bir çalışma odası tahsis edilmişti. Aslında bu yenileme çalışmalarına rahmetli Dr.Ratip Kazancıgil hocamız da farklı bir açıdan bakarak hazırlamış olduğumuz projeyi öneri olarak dönemin Rektörüne sunmuştu. Kazancıgil sunmuş olduğu proje de; düzenlemesi yapılmış, ödüller kazanmış müzeyi yeniden düzenlemek için harcanacak maddi ve manevi emeğin restorasyonu bitmiş olan külliyenin mutfaklar bölümüne (Tabhane ve İmaret Mutfağı Bölümü) harcanmasını, böylelikle külliyenin tüm üniteleriyle hayata geçirilmesi imkânının doğacağını, kentin turizmine ayrı bir ivme kazandıracağını, aşevinin Kızılay, Sosyal Yardımlaşma Vakfı ve Belediye işbirliği ile tekrar hayata geçirilerek ihtiyaç sahiplerine buradan öğlen ve akşam yemeği dağıtılabileceğini belirtmişti. Ancak hocamızın bu önerisi ilgi görmemişti.
Bu bağlamda, yapılan çalışmalar ile Sultan II.Bayezid Külliyesi, 2016 yılında UNESCO Dünya Kültür Mirası Geçici Listesi'ne dahil olmuştur. Sultan 2. Bayezid Külliyesi Sağlık Müzesi, kuruluşundan bugüne geçirdiği evreler ile ödülleri alarak kentimizi ve kültürümüzü tanıtmayı sürdürmeye devam etmektedir. 2017 yılında düzenlenen 4. Uluslararası Üniversite Müzeleri Platformu Konferansında Trakya Üniversitesi Sultan II. Bayezid Külliyesi Sağlık Müzesi "2017 Yılı Üniversite Müzesi" ödülünü almıştır. Bu bir bayrak yarışıdır. Müze, bundan sonra da, Rektör Prof.Dr.Erhan Tabakoğlu ve Müze Müdürü Hakan Akıncı’nın çalışmalarıyla kentimize bu tür ödülleri kazandırmaya devam edecektir. Muhakkak ki, yapılan olumlu ve olumsuz çalışmalar şehir tarihi sayfalarında yerini alarak geleceğe not düşecektir.
Müzenin bugünlere gelmesinde büyük emeği olan ve bugün rahmete kavuşan sevgili hocamız Dr.Ratip Kazancıgil’in külliyedeki çalışma odasının Dr.Ratip Kazancıgil adına düzenlenmesi ve tıp kitapları koleksiyonunun buradaki kütüphaneye getirilmesi, Trakya Üniversitesi Rektörü Prof.Dr.Erhan TABAKOĞLU ve ekibinden beklentimizdir. Sayın Rektörün, sağlığında hocamıza duyduğu sevgi ve saygı, onu sağlığında onurlandırma heyecanı, kadirşinaslığı başta hocamız olmak üzere tüm sevenlerini mutlu kılmıştı.
UNESCO Dünya Kültür Mirası Geçici Listesi'nde yer alan Trakya Üniversitesi Sultan II.Bayezid Sağlık Müzesi Külliyesi’nin kısa sürede listeye girmesi en büyük dileğimizdir. Sultan II.Bayezid’den başlayarak bu külliyenin gelişmesinde emeği geçen tüm vali, akademisyen, idari ve teknik personel ile diğer emeği geçenlere teşekkür ediyor, minnet ve şükranlarımı iletiyorum.